Более 120 выпускающих кафедр университета – таково множество основных учебно-научных подразделений вуза, ведущих подготовку специалистов к научно-практической деятельности.

21 из них – это кафедры, студентами каждой из которых получено 5 и более наград по итогам Всероссийского открытого конкурса Минобрнауки на лучшую научную работу студентов по естественным, техническим и гуманитарным наукам за последние пять лет:
- истории философии и логики (О.Г. Мазаева)
- философии и методологии науки (И.В. Черникова)
- английской филологии (С.К. Гураль)
- теоретических основ информатики (Ю.Л. Костюк)
- математической физики (Э.Р. Шрагер)
- онтологии, теории познания и социальной философии (В.Н. Сыров)
- зоологии позвоночных и экологии (Н.С. Москвитина)
- оптики и спектроскопии (Г.В. Майер)
- русской и зарубежной литературы (А.С. Янушкевич)
- информационных технологий и исследования дискретных структур (Н.В. Евтушенко)
- квантовой электроники и фотоники (А.В. Войцеховский)
- теории прочности и проектирования (С.Н. Кульков)
- физики металлов (А.Н. Тюменцев)
- механики деформируемого твердого тела (В.А. Скрипняк)
- ботаники (А.С. Ревушкин)
- прикладной газовой динамики и горения (Г.Р. Шрагер)
- зоологии беспозвоночных (Г.П. Островерхова)
- радиофизики (В.П. Якубов)
- теории и истории культуры (Ю.В. Петров)
- социологии (Н.В. Поправко)
- политологии (А.И. Щербинин)
Эти кафедры, возглавляемые известными учеными и организаторами, дали 158 из 299 наград, или 53% из полученных Томским государственным университетом, подтвердили итогами конкурса высокое научно-педагогическое мастерство своих сотрудников.
На этом фоне печально выглядят кафедры, организация научной работы молодежи на которых оставляет желать лучшего. Выпускниками 12 кафедр ТГУ – алгебры, органической химии, экономики и агробизнеса, геометрии, гражданского процесса, истории русской литературы ХХ века, криминалистики, трудового права, системного анализа и управления, динамики полета, уголовного права, системного менеджмента и предпринимательства (почти все эти кафедры существуют не один десяток лет) – с 1998 года не получено ни одной награды конкурса.
Прием работ на Всероссийский открытый конкурс 2009 года продолжается.