Университет всегда заботился о качестве образования и системы управления. Во всем мире Томский государственный университет – это бренд, который высоко котируется на рынке труда. Для контроля процесса управления в 2003 году был образован Центр менеджмента качества. За пять лет своей работы Центр составил такие важные документы, как Миссию университета, Политику в области качества, цели в области качества на 2009-2010 года, Устав, Положение о корпоративной культуре, об информационной политике, кроме того, специалисты Центры ежегодно проводят анкетирование студентов и сотрудников, внутренний аудит и обучение персонала. Благодаря работе Центра университет прошел ресертификацию компании National Quality Assurance Limited о соответствии менеджмента качества ТГУ международным стандартам. Аудиторы вот уже второй раз (первая сертификация прошла три года назад) отметили высокий уровень мотивированности руководства ТГУ к повышению качества управленческой деятельности. Система менеджмента качества в университете была признана состоявшейся и действующей, несоответствий заявленным целям и руководству по качеству не выявлено.