19 января 1904 года Совет университета единогласно постановил избрать Д.И. Менделеева, уроженца Сибири, «ввиду научных его заслуг, известных в настоящее время всему образованному миру» Почетным членом Императорского Томского университета, «первого в Сибири рассадника науки и просвещения» (утвержден Министерством народного просвещения 27 февраля 1904 г.).

15 января 1919 года в Томске открылся учредительный съезд Института исследования Сибири (Сибирской академии наук). Съезд разработал положение об институте, устав, планы работы, сметы. Институт был создан для научно-практического исследования природы и населения Сибири с целью наиболее рационального и культурного развития региона. Его директором был профессор университета В.В. Сапожников. Вышло 6 выпусков «Известий института исследования Сибири». 1 июля 1920 года институт был закрыт.

В январе 1924 года в Томске состоялась методическая конференция по вопросам преподавания в высшей школе, которая вынесла решение считать лекцию «отжившим» методом преподавания.

В январе 1984 года университет посетил дважды Герой Советского Союза, летчик-космонавт СССР Г.Т. Береговой, побывавший в Научной библиотеке и оставивший в книге отзывов такую запись: «Только книга позволяет человеку познать прошлое, осваивать настоящее и накапливать знания для будущего. Ваша библиотека поможет многим узнать исторические факты прошлого. Богатство сибирской Томской библиотеки – это не только количество книг, это духовное, моральное, эстетическое богатство человека».